女性性功能障碍分类较多，均依据女性性反应周期来划分。1994年中國精神疾病分类与诊断标准将其分为性欲减退、性交疼痛、阴道痉挛（性恐惧症）和性高潮缺乏。1998年美国泌尿系统疾病性功能健康委员会在综合各种分类的基础上提出新分类法。根据这一分类，女性性功能障碍分为4类，各分类及临床特征如下：

性欲障碍（sexual desire disorders）包括低反应性性功能和性厌恶。低反应性性欲能障碍指持续或反复发作的性幻想或性欲低下或缺如，并引起心理痛苦。性厌恶指持续或反复发生的恐惧性性厌恶和避免与性伴侣性接触，并引起心理痛苦。

性唤起障碍（sexual arousal disorders）指持续或反复发生不能获得或维持足够的性兴奋，并引起心理痛苦。具体表现为性愛行动时主观上持续缺乏性愉悦和性兴奋，客观上部分或完全缺乏阴道湿润和生殖器充血。

性高潮障碍（sexual orgasmic disorders）指足够的性刺激和性兴奋后，持续或反复发生的性高潮困难、延迟、缺如，并引起心理痛苦。

性疼痛障碍（sexual pain disorders）

性交疼痛（dyspareunia）：指反复或持续发生于性交相关的生殖器和盆腔疼痛。

阴道痉挛（vaginismus）指反复或持续发生阴道外1/3段肌肉不自主痉挛以干扰或阻止阴茎插入，并引起心理痛苦。

其他疼痛障碍：指反复或持续发生由非交合刺激引起的生理疼痛。

上述每种性功能障碍均分为终身性（原发性）和获得性（继发性）、完全性和境遇性、器质性和功能性。

2003年国际定义协会基于循证研究资料，在第二届国际性医学会议上提出女性性功能障碍分类的若干修改意见，包括：

女性性欲经常是在性刺激后已经引起主觀性唤起后出现，性欲和性唤起相互作用相互加强。因此认为只有在整个性行动中始终没有性欲才定义为性功能障碍。

主观性唤起几乎与血管充血无相关性，主诉缺乏主观性唤起的妇女仍有明显的生殖器充血，因此应将性唤起障碍分成生殖器、主观性及持续的性唤起障碍3种亚型。

性高潮障碍只限于有强烈主观性唤起后仍缺乏性高潮。

性交困难的定义反映阻止性交可能性大小。因为阴道括约肌紧张度的可变性及缺乏阴道痉挛时的客观发现，因此在定义阴道痉挛性疼痛障碍只注重疼痛的特征，而忽略是否有肌肉痉挛。

性交疼痛分为插入阴道时局部疼痛和性交过程中的疼痛。